遭受枪击的杜恩（Steve Railsback 饰）被送往医院接受治疗，不久后逃脱，并将斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）劫持。这令穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）焦急万分。 杜恩行车途中枪杀警察，警车监控录像记录下一切。穆德从录像中得知斯科莉生命无忧，遂于克莱区克（Nicholas Lea 尼古拉斯•李 饰）往天山方向追踪。穆德千辛万苦追到山上，却从杜恩口中得知斯科莉已被外星人劫持，情急之余挥拳相向，杜恩却离奇死亡。 官方阻挠穆德的调查，为了协助穆德，Skinner（Mitch Pileggi 饰）在权限之内重开X档案……